①
기획재정부장관 또는 국세청장은 상호합의절차 개시 신청을 거부하는 경우 그 사실을 신청인에게 통지하여야 하지만 체약상대국에게 통지할 필요는 없다.
②
상호합의절차가 시작된 경우 상호합의절차의 개시일부터 종료일까지의 기간은 「국세기본법」의 불복청구기간과 결정기간에 산입하지 아니한다.
③
상호합의절차가 시작된 경우 징수유예와 체납처분유예는 국세관할이 상호합의절차의 진행 중에 징수유예 및 체납처분유예를 허용하는 경우에만 적용한다.
④
상호합의절차가 시작된 경우 체약상대국과의 상호합의절차가 종료되거나 국세부과제척기간이 만료된 이후에는 국세를 부과할 수 없다.
⑤
과세당국이나 지방자치단체의 장은 상호합의 결과에 따라 부과처분, 경정결정 기타 세법상 필요한 조치를 취하여야 하며, 상호합의절차 종결 후 상호합의의 결과와 다른 법원의 확정판결이 있는 경우에도 동일하다.